Johannes Välja wurde 1994 in Estland geboren. 2001 wurde er am Tallinn Musikoberschule in die Celloklasse von Mart Laas aufgenommen. Seit dem Wintersemester 2013 ist er Student bei Prof. Wen-Sinn Yang an der Hochschule für Musik und Theater München.
Johannes nahm an Meisterkursen bei Natalja Gutman, Laszlo Fenyö, Jens Peter Maintz, Ivan Monighetti und Colin Carr teil.
Außerdem erhielt er beim Internationalen Kammermusik Festival „In Corpore“ mehrere Male den Jurypreis (2011-2013), zudem war er Laureat bei den Kammermusik-Wettbewerb „Pavasario Sonata 2012“ in Vilnius. Im April 2012 wurde ihm der 1. Preis beim Wettbewerb Violoncello in Liezen, Austria zugesprochen.
Als Solist konzertierte Johannes bereits mit dem Tallinner Kammerorchester und der Bad Reichenhaller Philharmonie, mit denen er Konzerte von Haydn, Saint-Saëns, Shostakovich und Vivaldi aufführte.
Seit 2015 ist Johannes Stipendiat bei Yehudi Menuhin Live Music Now.